La Iglesia, como una iglesia menonita, tiene su origen histórico en la Europa de la Reforma protestante (siglo 16), específicamente en el movimiento anabautista. Más allá de esto, la Iglesia ve su origen en la Iglesia Primitiva, que fue establecida durante Pentecostés como resultado de la unción del Espíritu Santo (Hechos 2).
Para la Iglesia esto significa que las enseñanzas de la Biblia y las creencias de los anabautistas (más adelante llamados menonitas) establecen las pautas para la Iglesia. Estos incluyen la centralidad de Cristo como Salvador y Señor (1 Corintios 3:11), seguir a Jesús en la vida diaria, la Iglesia como pueblo de Dios, la misión y el compromiso con la paz. La base para estas creencias es la Biblia como la Palabra de Dios.
Desde el establecimiento de la Iglesia Menonita Concordia en 1950, ella buscaba forjar un hogar espiritual para los menonitas de habla alemana radicados en Asunción y al mismo tiempo también establecer actividades misioneras. Ambos objetivos siguen vigentes para la Iglesia. Hoy la Iglesia cuenta con cultos en dos idiomas, en alemán y en español. La Iglesia quiere seguir siendo fiel a la Gran Comisión de Jesús (Mateo 28:18-20).
